Iekšējās drošības fonda atbildīgā iestāde Latvijā ir Iekšlietu ministrija, kurai ir tiesības īstenot projektus un pasākumus fonda ietvarā, revīzijas iestāde ir Finanšu ministrija.
Fonda finansējums tiek novirzīts divos virzienos: 1) Iekšējās drošības fonda finansiālā atbalsta instruments ārējām robežām un vīzām, 2) Iekšējās drošības fonda finansiālā atbalsta instruments policijas sadarbībai, noziedzības novēršanai un apkarošanai un krīžu pārvarēšanai.
1) Iekšējās drošības fonda finansiālā atbalsta instruments ārējām robežām un vīzām mērķis:
atvieglot likumīgu ceļošanu, nodrošinot vienotu un augsta līmeņa ārējo robežu kontroli un efektīvu Šengenas vīzu apstrādi atbilstoši Eiropas Savienības saistībām, ievērot pamatbrīvības un cilvēktiesības.
2) Iekšējās drošības fonda finansiālā atbalsta instruments policijas sadarbībai, noziedzības novēršanai un apkarošanai un krīžu pārvarēšanas mērķis:
novērst noziegumus un apkarot pārrobežu un smagus noziegumus un organizēto noziedzību, pastiprināt koordināciju un sadarbību starp dalībvalstu tiesībaizsardzības iestādēm un citām valsts iestādēm, palielināt dalībvalstu un Eiropas Savienības spēju efektīvi pārvaldīt ar drošību saistītus riskus un krīzes.